Eu pessoalmente, nas PENs uso sempre FAT32, apenas por ser mais compatível com sistemas UNIX e por aí fora.
Com o NTFS, tens "clusters" (não são usados clusters, mas para perceber, é a mesma coisa) de 512Bytes contra os 4KBytes do FAT32.
Logo se tiveres isso em FAT32 com muitos ficheiros inferiores a 4KBytes vais "perder" capacidade de armazenamento.
Mas como esses ficheiros não devem ser muitos, mais uma vez, neste caso, penso que não seja por aí que o NTFS pega, até porque a PEN é de 4GB.
No meu ver, a maior limitação do FAT32 é não suportar ficheiros superiores a 4GB, mas neste caso também não é relevante.
Em velocidade, duvido que exista alguma diferença.




