Criar programa em perl! urgenteee

[joao_faia]

boas, sou novo neste forum e registei-me nele pois achei interessante e o unico que me poderia dar alguma ajuda. o problema é o seguinte, tenho um projecto para fazer e consiste em criar um programa em perl.


será que algume me ajuda??


o projecto consiste em :

Enunciado do Projecto (revisto em 2009.05.07)
Crie um programa com o nome FB2009_X_Y.pl, onde X e Y são o número de cada aluno.

Input (STDIN)
Na primeira linha recebe uma expressão regular para encontrar motivos, por exemplo: A[CT]G (procurar por um A seguido de um C ou T e seguido de um G)
Nas restantes linhas recebe sequências de genes ou proteínas no formato FASTA.
Exemplo: shortseqs.txt
Output (STDOUT)
1. O output deve estar em todos os casos de acordo com o output gerado pelo Sistema de Verificação Online

2. Para cada sequência do ficheiro:

2.1. Imprime o título da sequência

2.2. Para cada motivo (por ordem alfabética, case insensitive e não sobreposto) encontrado na sequência que satisfaça a expressão regular dada como input (por exemplo, para a expressão regular A[CT]G, os motivos ACG e ATG):

2.2.1. Imprime a string “Motivo: “ seguida do motivo encontrado

2.2.2. Imprime a string “Sequencia: “ seguida da sequência indicando na sequência as ocorrências do motivo delimitadas com os caracters '<' e '>', no início e fim do motivo, respectivamente (por exemplo, o motivo ACG encontrado na sequência "atacgatacgt” deve aparecer assinalado da seguinte forma "at<acg>at<acg>t" e não "at<ACG>at<ACG>t"

1. Imprime a string “-- Estatisticas --“

2. Para cada motivo encontrado nos passos anteriores por ordem decrescente do valor total de ocorrências (em caso de numero de ocorrências iguais ordenar alfabeticamente):

2.1. Imprime a string “Motivo: “ seguida do motivo

2.2. Imprime a string “Media das Distancias: “ seguida da distância média entre ocorrências do motivo na mesma sequência
- a distância é calculada apenas em sequências onde existem pelo menos duas ocorrências do motivo
- a distância entre duas ocorrências é o número de caracteres entre elas
- a distância a imprimir é -1 no caso de nunca existirem duas ocorrências na mesma sequência

Exemplo de execução:
Nota: em Windows substitua cat por type

$ (echo "a[tg]c" && cat shortseqs.txt) | perl FB2009_10001_10002.pl

>50c's and 50t's

>10G's and 90A's

>A random sequence
Motivo: agc
Sequencia: ccagtcctgtctaaggagtttggttcacgcgttaatttcggtt<agc>cagtggcgcccacgtaacaaagtgcgaccgacctgcttccat<agc>attgaaatgtccttgattggagattttacgcaggaggactgataagttcgggtctgaattgatgc<agc>gaacgttcatccaatactcagacttgcactcagtcg
Motivo: atc
Sequencia: ccagtcctgtctaaggagtttggttcacgcgttaatttcggttagccagtggcgcccacgtaacaaagtgcgaccgacctgcttccatagcattgaaatgtccttgattggagattttacgcaggaggactgataagttcgggtctgaattgatgcagcgaacgttc<atc>caatactcagacttgcactcagtcg

>A second random sequence
Motivo: agc
Sequencia: cgcatgacggccctcctcgacggttcattaaccttgcacaccaactgttcctcaaccgatctggtgtctttctcacttacat<agc>agttgctgtaccatttgatgggaacccgagatcaccgggttatcgcgggagtttattccgaattgttctcggaaatgtggcgtcggcttgaattgggaataatacggatcttgaca<agc>acgatttcatccacaatgcggcacgagtaatccccttctggaaggatgcagaaaggacatatacaatg<agc>t<agc>cacgtggcgcataacgc<agc>ttggttagaaactaaatctatacaggaagatacagaatgggaacagtgtcgctcagtct<agc>c<agc>tagatccgcctttagtcgaccttaggggtaaggca
Motivo: atc
Sequencia: cgcatgacggccctcctcgacggttcattaaccttgcacaccaactgttcctcaaccg<atc>tggtgtctttctcacttacatagcagttgctgtaccatttgatgggaacccgag<atc>accgggtt<atc>gcgggagtttattccgaattgttctcggaaatgtggcgtcggcttgaattgggaataatacgg<atc>ttgacaagcacgatttc<atc>cacaatgcggcacgagta<atc>cccttctggaaggatgcagaaaggacatatacaatgagctagccacgtggcgcataacgcagcttggttagaaactaa<atc>tatacaggaagatacagaatgggaacagtgtcgctcagtctagccagctag<atc>cgcctttagtcgaccttaggggtaaggca

-- Estatisticas --
Motivo: agc
Media das Distancias: 46.125

Motivo: atc
Media das Distancias: 41.2857142857143




obrigado cumprimentos joão faia