Haha... 15 anos é boa idade para começar (foi quando eu comecei

).
Antes de mais, dizes que fizeste o projecto no Photoshop. Tudo bem, nada de errado nisso. Mas eu recomendo sem ponta de dúvida um programa como o
SketchUp para teres uma melhor percepção de como vão parecer as tuas ideias. É facílimo de trabalhar (vê o tutorial, é muito acessível).
Passando ás tuas dúvidas:

1º - Chamam-se rebites.

Tiras com o berbequim, com uma broca ligeiramente maior que o furo do rebite (aquele furo no meio). Uma nota para o caso de não saberes: O rebite depois de retirado fica inutilizável. Para voltares a cravar o/os rebite/s arranja um alicate de rebitar (é barato).

2º - Para o corte não precisas de nenhuma preparação em especial no que diz respeito à preparação da superfície. Se tanto, tentar que a superfície não esteja gordurosa. Convém no entanto dar uma dica essencial: Faz o corte de fora para dentro (ou seja, da parte que fica de dentro da caixa para a parte de fora). Isso evita que, caso a dremmel te fuja, consigas manter o corte bonito/limpo à vista do exterior

Podes obter o mesmo efeito forrando a linha de corte com fita de pintor, por exemplo.

3º - Os furos para segurar o acrílico e fans fazes com um berbequim, não tem muito que saber

(não sei se entendi bem a tua dúvida)

4º - O acrílico da Matrix (dessa caixa portanto... lol) é francamente de má qualidade, portanto exige cuidado extra no corte. Podes usar a dremmel com muita paciência ou usar o método do picotado com o berbequim (já está explicado algures aqui no fórum, mas acho que só pelo nome dá para entender), limando depois até ficar perfeito

Uma nota neste 4º ponto: A caixa já tem local para uma fan na frente, bem como as respectivas entradas de ar e fixações. Se tirares só o acrílico e não fizeres o corte também na chapa por trás, fica... "Relativamente feio".
Quanto a ferramentas que deves usar... Já te deves ter apercebido que um clone de dremmel chega perfeitamente (tenta assegurar-te que são compatíveis com os acessórios dremmel originais, dá bastante jeito). O berbequim também dá muito jeito, especialmente com uma serra craneana (para os blowholes... Também há quem lhe chame simplesmente serra circular, mas ela tem nome é para se usar

), bem como umas grosas de diversos formatos. Já que o teu pai te vai ajudar, procurem isto...
E sim, há possibilidade de cortares "TEDJ" em cima da caixa (havia um projecto em PT que também tinha o nome no topo... Não me recordo é de quem era, mas consulta o casemodding-pt.net

), mas é trabalhoso e não sei se será das primeiras coisas que queres fazer se só agora começas no modding... De qualquer modo, a decisão é sempre tua.
Ah, e ninguém te vai dizer TUDO... Vais tu tirando dúvidas à medida que te aparecem
Cumps. e boa sorte.