Boas!
Não te preocupes com isso porque há compatibilidade entre esse slot, podes colocar a nova gráfica à vontade, certifica-te apenas é que tens uma fonte de alimentação boa para a gráfica, pois as gráficas agora precisam (normalmente) de uma ou duas fichas de alimentação de 6 pinos.
A diferença entre o pci-express 2.0 e o pci-express 1.x tem principalmente a ver com a largura de banda disponivel para a troca de dados, sendo que pci-express 2.0 tem uma largura de banda máxima de 500 MB/s e o pci-express 1.x tem metade da largura de banda (ou seja 250 MB/s).
Finalmente, quando te referes a slot PCI Express x16, estás na realidade a "indicar" o formato da ligação (ou o numero de contactos que existe entre a placa gráfica e a slot na motherboar), pois tanto o pci-express 2.0 como o pci-express 1.x usa uma ligação do tipo PCI Express x16.
Para mais esclarecimentos, recomendo o site da wikipédia em portugues (aqui
http://pt.wikipedia.org/wiki/PCI_Express ) no qual certamente ficarão todos mais esclarecidos
Abraços, e espero ter esclarecido
