Boas.
Aconselho-te primeiro a teres uma ideia básica do airflow dentro duma caixa: o ar frio entra, recirculando todos os componentes e recebendo o calor dos mesmos, este ar acaba por ficar quente, e convem que este seja expelido para o exterior. Para que tires com maior eficácia uma maior quantidade de ar quente, tens que saber onde as colocar, e isto depende sempre da tua caixa, porém, com quase toda a certeza que terás um sitio para uma fan á frente (em baixo) e uma atrás (mais acima, junto da zona do cpu). O que convem fazer é por uma fan intake á frente e uma outake atrás, isto porque o ar, ao aquecer, as suas particulas adquirem velocidade, tendo menos densidade e consequente tendencia para subir, logo o ar frio entra em baixo (na frente) e sairá um pouco mais acima (atrás, junto ao cpu).
Já quanto ás fans a utilizar...usa noiseblocker(s4 se tiveres um controlador e s2 se nao), o nº de fans é dependente do sitio que tenhas para as colocar, e o sitio onde as ligas NAO precisa de ser á fonte, já que a grande maioria tem um conector de 3 pin, podendo ser ligadas em slots proprios na board (ver manual) ou a um controlador de fans.
Espero ter ajudado.
Cumps.