Boas,
De uma forma sumária: entre o processador e o dissipador (o bocado de metal que conduz o calor e que provavelmente tem uma ventoinha em cima) convém existir algum material com excelente condução térmica que deverá "encaixar" perfeitamente entre dissipador e cpu, isto pk se tiveres o dissipador a meio centímetro ele não te serve de muito... é preciso estar em contacto directo.
Alguns dissipadores têm um thermal pad já incluido que tem essa função, mas o melhor mesmo é usar uma pasta térmica que é.. hmm... uma pasta com excelente condutividade térmica que transfere o calor do cpu para o dissipador para que o calor seja dissipador pelo dissipador e não se acumule no cpu, isto porque idealmente o dissipador é que "leva com o calor" e o cpu tenta ficar ao fresco.
Normalmente as diferenças grandes de temperatura ou são causadas mesmo por um mau sistema de arrefecimento ou por má aplicação ou má pasta térmica e acho (acho é a palavra-chave nesta frase

) que os componentes electrónicos n gostam mto de grandes variações de temperatura.
No entanto 33-50º é uma margem perfeitamente aceitavel para um cpu, uma temp de 55º é aceitavel para um P4 e fica abaixo do limiar que a intel recomenda por isso não me parece k tenhas algo k te preocupar a menos que comeces a overclockar o sistema.