Se especificares o modelo do disco fica mais facil para resolver o teu problema. Mas mesmo assim pode ser que isto ajude.
Como consegues por o disco a funcar em conjunto com o dvd, não acredito que seja algum problema de limitação da bios, quanto muito pode ser uma daquelas opções para dar trabalho e cabo da paciência

, por isso a unica solução é veres se tens os jumpers no sitio certo. Os discos que podem levar a engano são os de 10 e 6 pinos porque têm dois singles (um neutro e um instalação standard).
Por isso nestes discos IDE tanto de 10 pinos como os de 6 experimenta selecionar a posição Single neutra pondo o jumper na 5-3 ou na 6-4, tanto faz. Já agora se for de 9 pinos verifica se tens single 1-2 e 7-8.