O modo de funcionamento do disco, ves aqui (espero que seja mais explicito por imagens, afinal uma vale mais que 1000 palavras

):
Tens que saber se o teu disco esta no canal IDE primario ou secundario e depois, se esta como master ou slave. É so procurar um bocado, se n souberes.
Nao me parece o MBR, senao o sistema nem arrancava. Podes ter erros no sistema de ficheiros, mas nao me parece que isso influencie dessa maneira. Em todo o caso podem ser corrigidos com um scandisk exaustivo, ou, na pior das hipoteses um full format ao disco, caso nao seja um problema fisico.
Ja agora, que drivers do chipset da motherboard tas a usar? Por ex. a nForce tem drivers proprios que aumentam o desempenho dos de quase tudo no pc, em relacao aos do windows (discos IDE/SATA incluidos), mas tambem ha casos em que piora, ainda nao percebi bem porque. Experimenta ver se a board tem alguma coisa neste genero.