A diferença é em termos de desempenho, é como tudo, pagas mais para teres melhor.
120/240/360mm é o tamanho do radiador, referindo-se ás ventoinhas que poderá levar, os de 120 pode levar 1 ventoinha de 120mm de cada lado ou só uma de um dos lados, o de 240 pode levar 2 de cada lado...
A tua caixa dá para colocar um de 120 na traseira, na frontal não sei se dá, sei que tem lá uma ventoinha de 120mm mas em termos de espaço pode não caber lá um radiador, para arrefeceres mais do que 1 componente deves ter mais do que 1 radiador de 120, podes ter 1 de 240 ou 2 de 120, tens de ser tu a estudar essas hipóteses.
Aqui tens links de caixas parecidas com a tua com watercooling:
http://forums.guru3d.com/showthread.php?t=294509
http://www.aquapc-forum.com/showthread. ... ke+soprano