Duvido muito que seja do Java... no máximo pode ser alguma coisa em Javascript (totalmente diferente de Java) que esteja a causar problems com o browser. Desligar os scripts pode ser uma solução, mas há páginas que vão deixar de funcionar bem.
Já tentaram utilizar uma versão diferente do IE?
Alternativamente, podem tentar com outro browser e ver se o problema se mantém... podem utilizar, por exemplo, o Mozilla Firebird (basta fazer o download do zip a partir de
http://www.mozilla.org/products/firebird/, que são só 6 mb, descompactar para uma directoria qualquer e correr... nem é necessário instalar).