Muda apenas no sentido em que os discos IDE são, regra geral (e comparando com os discos SATA de última geração), mais lentos que os discos SATA. Há excepções, obviamente, mas costuma ser assim.
No entanto, essas taxas de transferência não deixam de ser baixas, mesmo para um disco IDE.
O modelo da board normalmente está escrito no próprio PCB (ou seja, na board em si), ou perto do CPU ou entre ranhuras PCI. Se não estiver, podes sempre tentar o PC Wizard, que podes encontrar no site
http://www.cpuid.com ou o Sandra, da Sisoftware (o PC Wizard é grátis).
Se a caixa é asus, pode ser que seja um barebone (caixa com board integrada) que eles fabricam, e isso pode complicar mais as coisas. Aí já vais ter de ir ver ao site, comparando com as características do PC, para ver se acertas no modelo. Felizmente a Asus só fabrica duas ou três séries de barebones, com caixas muito diferentes entre si, e cada série só tem meia dúzia de modelos...
Se já experimentaste as alterações à BIOS, recomendo vivamente um update à mesma (e depois voltar a fazer as alterações), bem como aos drivers (sobretudo se o chipset for VIA, embora nos Intel às vezes também se possa ver melhorias). Se nada disso funcionar, provavelmente o disco é capaz de estar defeituoso...
Uma nota: para fazeres um update à BIOS tens de ter a certeza ABSOLUTA do modelo da board ou do barebone (a Asus vende só as caixas dos modelos de barebone, infelizmente), se não a BIOS pode ir para o tecto. Felizmente, se for actualizada pelo Windows, geralmente há uma verificação antes para saber se a que vai ser instalada é compatível com a que está a ser usada... (em DOS pode não haver, e é mais fácil contornar a segurança, se a houver, e fazer asneira da grossa...

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Já agora, uma hipótese remota, mas ainda assim... Qual é o CPU do PC? E qual é a carga quando está a transferir ficheiros? E, como estou com a mão na massa, qual é a quantidade de RAM do sistema?
Cumps.
Miguel