Como dizia Jack, o Estripador... Vamos por partes:
O que faz a CPU atingir os 100%? É algum IEXPLORE.EXE? (só como referência, podes descobrir isso no task manager)
Se for, hás-de reparar qual é a janela do IE que te faz isso... Ou seja, se é sempre a mesma.
Se assim acontecer, é virus ou spyware quase de certeza.
Quanto aos updates do Win, eu tenho-os todos para o XP Pro e nunca me deram problemas. Mas, dependendo da versão do Windows que usas, poderás ter a opção de restaurar o sistema para uma data anterior. Se formataste isso há coisa de uma semana, pode ser que isso te ajude sem teres muito trabalho.
Cumps
PS - Sobrescrevendo o Tretabyte, desliga os caps
