Em termos de performance são iguais.
A Gigabyte tem a vantagem de ser mais barata.
A Asus tem ligações e-sata e firewire e a Gigabyte não.
Outras coisas não sei.
Deixo-te alguns links. Podes tambem tu fazer a tua própria pesquisa.
Em termos de funcionalidades importantes não creio que haja grandes diferenças.